Caracterización de virus emergentes en cultivos y plantas silvestres mediante NGS

Los eventos de emergencia de enfermedades víricas son el resultado de actividades humanas como la agricultura, que pone en contacto grandes poblaciones de huéspedes genéticamente uniformes con patógenos. A pesar de que los virus causan casi el 50% de las enfermedades emergentes de las plantas, se desconoce en gran medida qué diversidad de virus hay en la naturaleza, su variabilidad genética y su distribución agroecológica, especialmente en las interfaces entre zonas de cultivo y las áreas colindantes. Además, la creciente demanda de alimentos conllevará a una mayor superficie de cultivo intensivo y aumentará las probabilidades de que se pongan en contacto virus presentes en cultivos y en plantas silvestres provocando brotes de enfermedades conocidas o nuevas. Para poder prevenir y controlar los patógenos virales en los cultivos, es esencial detectar e identificar dichos virus en las interfaces agroecológicas, conocer su origen y estudiar su diversidad viral. Con el fin de caracterizar la diversidad genética de los virus emergentes que mayores problemas y pérdidas económicas están ocasionando en la horticultura andaluza (e incluso mundial) el proyecto tiene como objetivo general detectar e identificar begomovirus emergentes en cultivos y plantas silvestres. Para conseguirlo se plantean tres subobjetivos: 1) Detectar e identificar begomovirus emergentes en especies cultivadas; 2) Detectar e identificar begomovirus emergentes en especies silvestres; y 3) Caracterizar la diversidad genética intrahospedador de begomovirus en plantas de campo y estudiar la presencia de recombinantes de begomovirus. Para llevarlo a cabo emplearemos amplificación en círculo rodante (RCA) seguido de secuenciación de nueva generación (NGS) y análisis bioinformático para el descubrimiento de nuevos virus y para la caracterización de las cuasiespecies víricas. Ello permitirá tener un conocimiento profundo de los virus presentes así como de los tipos de mutaciones y genomas recombinantes a nivel poblacional dentro de huéspedes cultivados y silvestres, algo que hasta la fecha no se ha explorado con la profundidad y con las herramientas bioinformáticas que aquí planteamos. Este proyecto presenta objetivos novedosos y de gran relevancia en el campo de la evolución viral y la agroalimentación y sus resultados pueden ser de interés a otros campos como el biosanitario y de reciclado de aguas.