Los proyectos de investigación que se desarrollan dentro del contexto de esta línea, que incluye a diez científicos de plantilla, se centran en dos objetivos básicos: el estudio de la estructura, diversidad genética y evolución de los patógenos de plantas y la compresión de los mecanismos genéticos y moleculares de la interacción planta-patógeno implicados tanto en el desarrollo de la infección, como en el establecimiento de resistencia. El estudio de la evolución de los patógenos incluye la comprensión de los fenómemos de adaptación al huésped de virus transmitidos por mosca blanca (Begomovirus y Crinivirus), la influencia de la mutación y la recombinación y los mecanismos implicados en esta última, el estudio de la influencia de la planta y el vector sobre la evolución de poblaciones, el análisis de la catástrofe de error, el análisis de las interacciones sinérgicas entre virus y su impacto en la patogenicidad y emergencia de begomovirus y crinivirus, el impacto de la heterogeneidad fenotípica en bacterias en la adaptación al huésped y la caracterización de la variabilidad genética de las poblaciones de Verticillium dahliae en especies hortícolas y frutales subtropicales. El análisis de los mecanismos de interacción planta-patógeno se lleva a cabo mediante el análisis del interactoma planta-patógeno en virus y bacterias para la identificación y posterior caracterización de factores celulares implicados en los procesos de infección y resistencia en los sistemas planta-Begomovirus y planta-Pseudomonas, el análisis de los mecanismos moleculares de patogenicidad en sistemas virales (Begomovirus), bacterianos (Pseudomonas) y fúngicos (Verticillium dahliae), el estudio de la implicación de los fenómenos de silenciamiento génico los sistemas virales y bacterianos y el análisis de los mecanismos moleculares de Verticillium dahliae que controlan el dimorfismo en hongos, y su importancia en la colonización de la planta huésped.