Evaluando el repositorio de diversidad español del tomate (Solanum lycopersicum) para un programa de mejora molecular basado en aproximaciones de secuenciación de alta capacidad y herramientas computacionales

Código: RYC-2011-08839
Duración: 21/7/2012 - 21/7/2017
Entidad Financiadora: Ministerio de Economía y Competitividad. Sub-programa “Ramón y Cajal”.
Investigador/es principal/es:
La secuenciación de alta capacidad, con unos costes cada vez menores, combinada con herramientas bioinformáticas que incluyen métodos de análisis estadísticos robustos, está haciendo posible el estudio de los patrones de variación natural de genomas completos y la descripción de las relaciones entre el polimorfismo del genoma con la variación de caractéres fenotípicos complejos. En un solo experimento de secuenciación se describen de cientos a miles de polimorfismos de un nucleótido (SNP) en decenas de líneas de interes simultáneamente, siendo empleadas en estudios de asociación (genome-wide association, GWA) para identificar genes y locus de caracteres cuantitativos (QTL) responsables de variaciones complejas en plantas. Sin embargo, solo una pequeña fracción de la diversidad disponible en colecciones de germoplasma ha sido estudiada. En este aspecto, España cuenta con una larga tradición de mejora de tomate y fue prolífica en la producción de cientos de cultivares gracias a su diversa topografía, variación climática y métodos culturales. Parte de esta herencia se ha preservado en repositorios de germoplasma públicos con cientos de cultivares antiguos que representan un fuente de de variabilidad genómica. Este proyecto intenta explorar la excepcional diversidad de líneas de tomate presentes en estas colecciones, comenzando con una caracterización fenotípica de las líneas con mayor potencial para caracteres de calidad del fruto y propiedades nutricionales y teniendo en cuenta la plasticidad fenotípica. La información genotípica será obtenida a partir de bases de datos públicas o en colaboración con grupos interesados usando secuenciación de alta capacidad incluyendo, cuando sea posible, expresión génica, mapeo de genes de interés y variabilidad genómica. Esta información será estandarizada usando proyecto de bioinformática actuales que buscan asegurar futura compatibilidad con estudios de GWA (GMOD) para facilitar el análisis y reutilización de los datos.